Sardar
Beim JR Pass musst du einfach durchrechnen, ob es sich für dich rentiert. Ich würde auf jeden Fall so gut es geht die Route durchplanen. Angefangen von den Locations der Hotels und Wege bis zum Bahnhof. Achtung: Mit dem JR Pass kannst du generell nur, wie der Name verrät, mit Zügen der Japan Rail kostenlos fahren. Um die Metro in Tokyo zu nutzen, musst du dann ein Ticket kaufen. Falls du deine Hotels zufällig an Metro-Stationen hast, wäre es ärgerlich, wenn du trotz JR-Pass jedes Mal nen Ticket kaufst.
Auflistung der Linien: https://www.jrailpass.com/maps
Alternativ zum Sparen: PASMO oder SUICA-Karten im Bahnhof besorgen. Spart Zeit und Geld.
Bezüglich Hotels: Habe meine buchungen alle über https://booking.com oder https://www.ebookers.com/ machen können. Da sind auch viele kleine Hotels bei. Sehr schöne Hotels in Tokyo kann ich folgende emofehlen:
Andon Ryokan: Sehr netter und hilfreicher Staff. Bieten immer wieder Programm wie Teezeremonien oder Touren für ihre Gäste an. Haben sehr leckeres Essen. Ist in schöner Nachbarschaft und man kann zum SkyTree / Asakusa-Schrein wandern.
Wise Owl Hostel Tokyo: Auch sehr schön, nur leider ist deren erstes Hostel nun von Akiba nach Sumida weiteregezogen. Damit etwas längerer Weg nach Akiba. Aber trotzdem netter Staff, sauber und verschiedene Arten von Zimmern.
Leider sind viele tolle Hotels mittlerweile nicht mehr da, wie ich feststellen musste. Generell gibt es natürlich viele Ausflugsziele, bei denen du sicher gute Ausblicke haben wirst. Beispielsweise am Fujisan oder Hakone. Da sind die Möglichkeiten schier unendlich.